Seit etwa 
Imagemagick 6.7.5 sind die colorspaces RGB und sRGB intern getauscht - die defaults intern sind ebenfalls getauscht, so dass es eigentlich niemandem auffallen sollte, der nur auf der Kommandozeile mit imagemagick arbeitet.
Nun ist allerdings in TYPO3 CMS zumindest bis 4.7.4 und 4.5. 25 bei der Bildbearbeitung der colorspace RGB in der Datei class.t3lib_stdgraphic.php fest eingebaut - was zu den dunklen Bilder führt, wenn man imagemagick aktualisiert.
Als "quick and dirty" Fix kann man die im Bugtracker beschriebene Änderung der Datei class.t3lib_stdgraphic.php vornehmen. Dort wird im wesentlichen an 3 Stellen RGB durch sRGB im Quellcode ersetzt.
Wie es im Bugtracker aussieht, wird es zukünftig auch eine Einstellmöglichkeit für den Farbraum im Installer geben, was diesen Eingriff in die Quellen nicht nötig macht. Den muß man, solange es keine Möglichkeit gibt, das direkt zu konfigurieren, für jede TYPO3 CMS Instanz und bei jedem Update nachvollziehen.
Danke auch an Richard Hirner für die Recherche und weitere Ideen, wie man mit diesem Problem umgehen kann.
Update: seit letzten Sommer gibt es für alle noch verfügbaren TYPO3 CMS Versionen im Installtool im Abschnit GFX die Möglichkeit, den Colorspace für imagemagick zu definieren:
$TYPO3_CONF_VARS[GFX][colorspace] = RGB ist die Default Einstellung